結構生物分析軟體導論
Introduction to analytical software of structural biology
| 節 | 週四 |
|---|---|
4 11:10–12:00 | 結構生物分析軟體導論 BC208 |
* 根據陽明交大上課時間表所列
結構生物學是利用生物物理及生物化學方法得到蛋白質或核酸...等生物大分子的三維立體結構,並探討結構與其對應功能的關係。由於結構生物學能夠利用三維立體結構清楚解釋生物大分子如何執行其功能,所以為現在生命科學領域的主要研究方向之一。在結構生物學領域中,不管是實驗技術與軟體的使用都有一定的複雜度,實驗的儀器通常也都非常昂貴且難以看到實品,也因此結構生物分析軟體導論提供了參訪這些結構生物學儀器的機會,也會教授部分的分析軟體還有生物巨分子之動畫的製作。 本課程之目的,是讓學生直接了解結構生物學儀器之實作原理,並且使用X-ray crystallography 中的結構建置軟體Coot;此外,此課程還會教授結構生物學中的結構分析軟體 Pymol、Chimera以及SPDBV_4.10,並且利用這些結構生物學軟體進行蛋白質結構的動畫製作。
建議有生物化學或分子生物學基礎為佳。 且須同時修結構生物學。
無備註
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分組報告 (Group presentation) 100%
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| 週次 | 主題 |
|---|---|
| 第 1 週 | 2/20 |
| 第 2 週 | 結構分析軟體-SPDBV-1 2/27 |
| 第 3 週 | 結構分析軟體-SPDBV-2 3/6 |
| 第 4 週 | 結構分析軟體- Pymol -1 3/13 |
| 第 5 週 | 結構分析軟體- Pymol -2 3/20 |
| 第 6 週 | 結構分析軟體- Pymol -3 3/27 |
| 第 7 週 | 結構的堆疊比較與模擬實作 1 (Structure alignment and homology model modeling) 4/3 |
| 第 8 週 | 結構的堆疊比較與模擬實作 2 (Structure alignment and homology model modeling) 4/10 |
| 第 9 週 | 參訪清華大學 X-ray crystallography與NMR 實驗相關設施 4/17 |
| 第 10 週 | 參訪國家同步輻射中心(含X-ray crystallography與Small angle X-ray scattering相關設施) 4/24 |
| 第 11 週 | 結構分析軟體- Chimera 5/1 |
| 第 12 週 | 5/8 |
| 第 13 週 | 結構生物分子動畫製作-1 5/15 |
| 第 14 週 | 結構生物分子動畫製作-2 5/22 |
| 第 15 週 | Pymol、Chimera以及SPDBV_4.10 5/29 |
| 第 16 週 | 期末報告-1 6/5 |
| 第 17 週 | 期末報告-2 6/12 |
| 第 18 週 | 期末報告-3 6/19 |
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- 地點
- 生科實驗一館209
- 時間
- 星期四 12:30-13:30
- 聯絡方式
- 蕭育源 mike0617@nctu.edu.tw