生物資訊程式設計

Computer Programming for Applied Bioinfomatics Studies

學期

107-1

學分

0 學分

當期課號

5700

永久課號

IBI5148

開課單位

生物資訊及系統生物研究所

授課教師

羅惟正

校區

光復

類別

選修

上課時間表

節	週三
5 13:20–14:10	生物資訊程式設計 CS105（光復） 3 節連堂
6 14:20–15:10
7 15:30–16:20

* 根據陽明交大上課時間表所列

概述

本課程乃針對無資訊背景或無程式設計經驗之研究生所設計,基本目標為使其從零到一建立程式寫作、資料庫建置與網站開發能力。教學過程中所使用的範例及作業多屬生物學主題。此外,本課程亦期望: 1. 訓練學生使用linux系統,使其得以自在運用專業的文字模式生物資訊軟體,並能自行設計程式整合不同軟體之運算結果。 2. 使學生認識生物資訊研究法之性質、了解生物資訊與wet-lab研究可以如何相互輔助整合。

先修科目

請注意: 本課程107學年上學期改在光復校區計算機中心訓練教室CS105上課。無特殊先修或先備能力要求。本課程主要設計給無資訊背景或無程式設計經驗之研究生。已有基本程式設計能力之學生,建議改修其他進階程式設計課程。

備註

無備註

教學方式

教師未提供此項資料

評分方式

幾乎每堂課都有隨堂作業或課後作業,作業老師會節選講解。期中兩次上機考,期末一份專題作業。 1. 第一次上機考 20% 2. 第二次上機考 20% 3. 期末專題 20% 4. 作業與小考 20% 5. 學期綜合表現 20%

課程大綱

1

Introduction to bioinformatics & computational biology
2

Computer programming: concepts and practice
3

PHP programming
4

Parser
5

Pipeline
6

Utilizing conventional biology software by automated programs
7

Bio-programming examples: Protein structural biology
8

MySQL database system
9

Accessing commonly-used biological databases by automated programs
10

Designing web pages and a web server

週次計畫

週次	主題
第 1 週	About this Course 1. 課堂規範 2. 學期評分規劃 3. 生物資訊與程式設計經驗分享 9/12
第 2 週	PHP Introduction and Environment 1. Linux 操作 2. 程式設計平臺建置 3. 程式設計學習經驗分享 9/19
第 3 週	Printing and Manipulating Text 1. 變數 2. 字串處理 9/26
第 4 週	Reading and Writing Files 1. 讀寫檔案 2. 進階檔案處理 10/3
第 5 週	(國慶日) 10/10
第 6 週	Array and Loops 1. 陣列變數 2. 迴圈 3. 多維陣列 4. 進階迴圈設計 10/17
第 7 週	Mid-term Exam I 上機考 (一) 10/24
第 8 週	Writing User-defined Functions 1. 自訂函式 10/31
第 9 週	Conditional Tests 1. 邏輯運算 2. 流程控制 11/7
第 10 週	Dictionaries-like Programming Skills 1. 字典法與其生物學應用 2. 大學部學生座談會-校長有約 (15:30 ~ 17:20 大學部停課) 11/14
第 11 週	Files, Programs and User Input 1. 進階磁碟操作 2. 檔案包引與自製函式庫 3. 接受程式使用者輸入資料 11/21
第 12 週	Mid-term Exam II 上機考 (二) 11/28
第 13 週	全校運動會(全校停課) 12/5
第 14 週	Applied PHP Programming 1. 文字解析程式 (Parser) 12/12
第 15 週	Applied PHP Programming 1. 資料庫處理 12/19
第 16 週	Applied PHP Programming 1. 網頁程式設計 12/26
第 17 週	Applied PHP Programming 1. 互動式網頁程式設計 1/2
第 18 週	Final Evaluation 期末評量、補充 1/9

教科書

1. 隨堂講義 2. Professional PHP Programming (Jesus Castagnatto et al.) 3. 上列教科書之許鳴程譯本

Office Hours

地點: 生科實驗二館201室
時間: 週一、週五 09:00 AM – 16:00 PM
聯絡方式: 分機:56922 WadeLo@nctu.edu.tw