生物資料庫理論與實作
Biological Databases: Theories and Practice
| 節 | 週三 |
|---|---|
5 13:20–14:10 | 生物資料庫理論與實作 BI305（博愛） 3 節連堂 |
6 14:20–15:10 | |
7 15:30–16:20 |
* 根據陽明交大上課時間表所列
主要內容:(1) 介紹生物資料庫之理論及軟硬體架構。(2) 剖析幾個重要的生物資料庫且帶領操作。(3) 培訓資料庫建置能力。(4) 實作生物資料庫。 本課程極強調實作。除訓練學生熟習資料庫運作原理以及各類軟硬體操作外,更試圖強化其實作能力,使其得以活用所學、開發更有助生物科技進展之資料庫。
先修科目 — 生物資訊程式設計 (即擋修) 先備能力 — 適合已有中上程式設計能力者修習
無備註
105學年度起課程相較以往有較大變革。往年課程較重視理論傳授,新版課程則更重視實作。 強烈建議修課同學預先具備PHP中上程度程式設計能力。 生物資料庫建置的困難點不只在理論的理解與程式設計,也在人的智力與時間投入,以及協同合作的能力。本課程將以 representative protein structures 為例,帶領學生們分工合作組建一透過大數據分析所得之生物資料庫。
期中上機考與口頭報告共 50% 期末專題展示 25% 作業與平時表現 (出席、參與討論、課堂表現等) 25%
簡介
1. 資料庫理論 2. 資料庫軟硬體
- 講授：
- 6
進階理論
1. 大資料時代之應變 2. 分散運算與生物資料庫
- 講授：
- 2
學習評量
1.期中考:上機 2.期中口頭報告:期末專題設定與分組 3.期末口頭報告:期末專題成果
- 其他：
- 9
資料庫實例剖析
1.NCBI 資料庫系統 2.Protein Databases, PDB - Protein Data Bank, SCOP - Structural Classification of Proteins 3.Genome Databases 4.mircoRNA Databases 5.Clinical, Drug and Other (KEGG etc) Biological Databases
- 講授：
- 4
- 示範：
- 4
- 實作：
- 3
資料庫建置能力
1.PHP 進階程式設計 (一) 2.PHP 進階程式設計 (二) 3.PHP 網頁程式設計 4.PHP 資料庫程式設計
- 講授：
- 7
資料庫實作
1.Workshop (I): 3D Domain Swapping Database 2.Workshop (II): 3D Domain Swapping Database 3.Workshop (III): 3D Domain Swapping Database
- 講授：
- 3
- 示範：
- 3
- 實作：
- 9
作業
諸多隨堂與課後作業
| 週次 | 主題 |
|---|---|
| 第 1 週 | 課程概論 & 資料庫理論 3/4 |
| 第 2 週 | 資料庫軟硬體 & Virtual Machines 3/11 |
| 第 3 週 | 大資料時代之應變 & 分散運算與生物資料庫 & NCBI 資料庫系統 3/18 |
| 第 4 週 | PHP 程式設計 3/25 |
| 第 5 週 | Protein Databases, PDB - Protein Data Bank, SCOP - Structural Classification of Proteins 4/1 |
| 第 6 週 | Genome Databases 4/22 |
| 第 7 週 | mircoRNA Databases 4/15 |
| 第 8 週 | Clinical, Drug and Other (KEGG etc) Biological Databases 5/6 |
| 第 9 週 | 期中考:程式設計上機考 4/29 |
| 第 10 週 | 期中口頭報告:期末專題設定與分組 5/6 |
| 第 11 週 | 進階程式設計 5/27 |
| 第 12 週 | 網頁程式設計 5/20 |
| 第 13 週 | 資料庫程式設計 5/27 |
| 第 14 週 | 資料庫結構與關聯式資料庫 6/3 |
| 第 15 週 | Workshop (實作 I): Representative Protein Structure Database 6/10 |
| 第 16 週 | Workshop (實作 II): Representative Protein Structure Database 6/17 |
| 第 17 週 | Workshop (實作 III): Representative Protein Structure Database 6/24 |
隨堂講義與 papers
- 地點
- 生科實驗二館201室
- 時間
- 週二、四 09:00AM-11:30AM (請先預約)
- 聯絡方式
- 校內分機 56922