整合性基因體資料庫之應用程式設計
Integrated genome database programming
| 節 | 週五 |
|---|---|
3 10:10–11:00 | 整合性基因體資料庫之應用程式設計 YR102（陽明） 2 節連堂 |
4 11:10–12:00 |
* 根據陽明交大上課時間表所列
1. 介紹 Ensembl 資料庫及瀏覽器架構 2. Ensembl APIs and web servers 3. Genome annotation 4. Ensembl virtual machine, docker 5. Machine learning and deep learning on big omics data analysis
教師未提供此項資料
無備註
Ensembl 資料庫整合了人類及數種模式物種的基因體序列、變異、表現體、調控、乃至於跨物種基因體比較之豐富資料,近年來並整合了 dbSNP、ENCODE等國際合作計畫產生的資訊。本課程將介紹 Ensembl DB及browser的建構邏輯,介紹取得並整理大量基因體註解資料的理論及技術,以進行進一步的資料探勘工作。 其次,鑑於近年來 machine learning及 deep learning在癌症體學研究的應用,本課程介紹 Python 套件,如Numpy, Pandas, SciPy, Scikit-learn等,以及資料庫管理系統 MySQL,以逐步建立大數據處理分析的基礎,並且能夠建立自我學習的信心,使用已有的套件,來進行進階的大資料探勘。
報告及課堂參與
教師未提供此項資料
| 週次 | 主題 |
|---|---|
| 第 1 週 | Introduction to Ensembl DB and browser families 2021/09/17 |
| 第 2 週 | Ensembl browser and Apache web server (1) – docker or VMRevisit of GenBank file format (1) 2021/09/24 |
| 第 3 週 | Ensembl browser and Apache web server (2) – docker or VMRevisit of GenBank file format (2) 2021/10/01 |
| 第 4 週 | Revisit of GenBank file format – file and devicesEnsembl virtual machine 2021/10/08 |
| 第 5 週 | Revisit of GenBank file format – effective parsing (1)國慶日連假 2021/10/15 |
| 第 6 週 | Revisit of GenBank file format – effective parsing (2)MySQL and Ensembl Perl APIs 2021/10/22 |
| 第 7 週 | Numpy and Pandas (1)Ensembl RESTful APIs, R, and Python 2021/10/29 |
| 第 8 週 | Numpy and Pandas (2) – the iris data as an examplePyEnsembl (1) 2021/11/05 |
| 第 9 週 | Mid-term exam – docker or VM for a personal web sitePyEnsembl (2) 2021/11/12 |
| 第 10 週 | TCGA data analysis – SVR, L1, L2, and elasticnet regularizationFinal report and discussion 2021/11/19 |
| 第 11 週 | Promoter modeling – NMT and self-attention 2021/11/26 |
| 第 12 週 | Genome annotation DB and MySQL– docker or VM 2021/12/03 |
| 第 13 週 | ENCODE, Gencode, and gene finding (1) – Rationale 2021/12/10 |
| 第 14 週 | ENCODE, Gencode, and gene finding (2) – Ensembl API 2021/12/17 |
| 第 15 週 | Ensembl gene biotypes 2021/12/24 |
| 第 16 週 | Final exam 2021/12/31 |
| 第 17 週 | Introduction of next-generation sequencing data analysis (1) 2022/01/07 |
| 第 18 週 | Introduction of next-generation sequencing data analysis (2) 2022/01/14 |
自編講義
- 地點
- 教師未提供此項資料
- 時間
- 教師未提供此項資料
- 聯絡方式
- 教師未提供此項資料