遺傳資料分析

Genetic Data Analysis

學期

111-2

學分

0 學分

當期課號

130213

永久課號

MDPH30093

開課單位

公共衛生研究所

授課教師

陳建勳、林明薇

校區

陽明

類別

選修

上課時間表

節	週二
7 15:30–16:20	遺傳資料分析 YS107（陽明） 2 節連堂
8 16:30–17:20	遺傳資料分析 YS107（陽明） 2 節連堂

* 根據陽明交大上課時間表所列

概述

介紹遺傳基因研究資料分析方法及軟體,包括:連鎖分析方法,基因關聯分析方法,haplotype 分析方法,全基因體分析方法等。

先修科目

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備註

無備註

教學方式

隨著人類基因體計畫及後續相關計畫的完成,提供我們許多豐富寶貴的基因體研究資料,也帶動許多探索人類疾病相關基因研究計畫的蓬勃展開,本課程將介紹遺傳基因研究的資料分析方法,配合軟體之實際操作及實例分析,讓同學瞭解該如何運用這些分析方法及軟體以尋找人類疾病基因。

評分方式

Class participation 15% 作業及computer practice 作業 15% Case presentation 40% Case presentation written report 30%

課程大綱

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週次計畫

週次	主題
第 1 週	Introduction to genetic data analysis (I) 2023-02-14(二) 時數：[2023-02-14]林明薇(2.00)
第 2 週	Introduction to genetic data analysis (II) 2023-02-21(二) 時數：[2023-02-21]林明薇(2.00)
第 3 週	National holiday (No class) 2023-02-28(二) 時數：[2023-02-28]林明薇(2.00)
第 4 週	File system for genetic linkage analysis, Linkage analysis --- LINKAGE, GENEHUNTER 2023-03-07(二) 時數：[2023-03-07]林明薇(2.00)
第 5 週	Linkage analysis --- GENEHUNTER 2023-03-14(二) 時數：[2023-03-14]林明薇(2.00)
第 6 週	Case presentation I 2023-03-21(二) 時數：[2023-03-21]林明薇(2.00)
第 7 週	Association data analysis、Genome-wide association study 2023-03-28(二) 時數：[2023-03-28]林明薇(2.00)
第 8 週	National holiday (No class) 2023-04-04(二) 時數：[2023-04-04]林明薇(2.00)
第 9 週	參觀中研院臺灣精準醫學計畫 2023-04-11(二) 時數：[2023-04-11]陳建勳(2.00)
第 10 週	Haplotype analysis --- Haploview (I) 2023-04-18(二) 時數：[2023-04-18]林明薇(2.00)
第 11 週	Haplotype analysis --- Haploview (II) 2023-04-25(二) 時數：[2023-04-25]林明薇(2.00)
第 12 週	Case presentation II 2023-05-02(二) 時數：[2023-05-02]林明薇(2.00)
第 13 週	Genome-wide association analysis --- PLINK (I) 2023-05-09(二) 時數：[2023-05-09]林明薇(2.00)
第 14 週	Genome-wide association analysis --- PLINK (II) 2023-05-16(二) 時數：[2023-05-16]林明薇(2.00)
第 15 週	Genome-wide association analysis --- PLINK (III) 2023-05-23(二) 時數：[2023-05-23]林明薇(2.00)
第 16 週	Case presentation III 2023-05-30(二) 時數：[2023-05-30]林明薇(2.00)
第 17 週	Final report 2023-06-06(二) 時數：[2023-06-06]林明薇(2.00)
第 18 週	Final examination 2023-06-13(二) 時數：[2023-06-13]林明薇(2.00)

教科書

(1) Handbook of Human Genetic Linkage, 1994, Joseph D. Terwilliger &Jurg Ott, Johns Hopkins University Press (2) Genetic Analysis of Complex Disease, 2006, Jonathan L. Haines & Margaret A. Pericak-Vance, Wiley-Liss (藝軒書局) (3) A Statistical Approach to Genetic Epidemiology,2010, Andreas Ziegler and Inke R. Konig, Wiley-Blackwell

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