生物資訊演算法與資料結構
Algorithms and data structures in bioinformatics
| 節 | 週二 |
|---|---|
2 09:00–09:50 | 生物資訊演算法與資料結構 BI305（博愛） 3 節連堂 |
3 10:10–11:00 | |
4 11:10–12:00 |
* 根據陽明交大上課時間表所列
An algorithm is a set of finite rules or instructions to be followed in calculations or other problem-solving operations. Data Structures is about rendering data elements in terms of some relationship, for better organization and storage. A good algorithm usually comes together with good data structures that allow the algorithm to manipulate the data efficiently. In this course you will learn about algorithms and data structures, two of the fundamental topics in computer science, and use C programming language to implement the algorithms used in bioinformatics and related data structures.
N/A
無備註
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Class Participation 10%,Homework 60%,Final Project 30%
Array
Array, stack and queue
- 講授：
- 3
- 示範：
- 2
- 實作：
- 1
Dynamic programming
Global and local sequence alignment
- 講授：
- 3
- 示範：
- 0
- 實作：
- 0
Linked lists
Linked lists, PDB file parser, structure descriptions and superposition
- 講授：
- 5
- 示範：
- 2
- 實作：
- 2
Trees
Trees, search trees
- 講授：
- 3
- 示範：
- 0
- 實作：
- 0
Sorting algorithm
Bubble, insertion, selection, quick, merge, heap and radix sort
- 講授：
- 3
- 示範：
- 2
- 實作：
- 1
Hashing and clustering
Hashing table, clustering method, Multiple sequence alignment and phylogenetic trees
- 講授：
- 3
- 示範：
- 1
- 實作：
- 2
Graphs
Graphs algorithms and related data structure
- 講授：
- 3
- 示範：
- 2
- 實作：
- 1
Project report
Final project report
- 講授：
- 0
- 示範：
- 0
- 實作：
- 3
Introduction
Introduction of data structure, algorithm and programming language C
- 講授：
- 1
- 示範：
- 3
- 實作：
- 2
| 週次 | 主題 |
|---|---|
| 第 1 週 | Introduction of data structure and algorithm 2023-02-14(二) 時數：[2023-02-14]陸志豪(3.00) |
| 第 2 週 | The C programming language 2023-02-21(二) 時數：[2023-02-21]陸志豪(3.00) |
| 第 3 週 | Array and structures // Holiday 2023-02-28(二) 時數：[2023-02-28]陸志豪(3.00) |
| 第 4 週 | Stack and queue 2023-03-07(二) 時數：[2023-03-07]陸志豪(3.00) |
| 第 5 週 | Dynamic programming/ Sequence alignment 2023-03-14(二) 時數：[2023-03-14]陸志豪(3.00) |
| 第 6 週 | Linked lists 2023-03-21(二) 時數：[2023-03-21]陸志豪(3.00) |
| 第 7 週 | PDB file parser 2023-03-28(二) 時數：[2023-03-28]陸志豪(3.00) |
| 第 8 週 | Structure descriptions and superposition // Holiday 2023-04-04(二) 時數：[2023-04-04]陸志豪(3.00) |
| 第 9 週 | Trees 2023-04-11(二) 時數：[2023-04-11]陸志豪(3.00) |
| 第 10 週 | Sorting algorithm I 2023-04-18(二) 時數：[2023-04-18]陸志豪(3.00) |
| 第 11 週 | Sorting algorithm II 2023-04-25(二) 時數：[2023-04-25]陸志豪(3.00) |
| 第 12 週 | Hashing and clustering 2023-05-02(二) 時數：[2023-05-02]陸志豪(3.00) |
| 第 13 週 | Multiple sequence alignment and phylogenetic trees 2023-05-09(二) 時數：[2023-05-09]陸志豪(3.00) |
| 第 14 週 | Graphs algorithms and related data structure 2023-05-16(二) 時數：[2023-05-16]陸志豪(3.00) |
| 第 15 週 | Graphs algorithms and related data structure 2023-05-23(二) 時數：[2023-05-23]陸志豪(3.00) |
| 第 16 週 | Final project 2023-05-30(二) 時數：[2023-05-30]陸志豪(3.00) |
| 第 17 週 | Flexible course 2023-06-06(二) 時數：[2023-06-06]陸志豪(3.00) |
| 第 18 週 | Flexible course 2023-06-13(二) 時數：[2023-06-13]陸志豪(3.00) |
1. Fundamentals of Data Structures in C. Ellis Horowitz, Sartaj Sahni, Susan Anderson-Freed. Silicon Press 2. Introduction to Algorithms. Cormen, Thomas H., Leiserson, Charles E., Rivest, Ronald L. Summit Valley Press 3. Protein bioinformatics an algorithmic approach to sequence and structure analysis. Ingvar Eidhammer, Inge Jonassen, William R. Taylor. John. Wiley Press
- 地點
- Room 423 BioICT building
- 時間
- Monday 13:00-17:00PM
- 聯絡方式
- Email: chlu@nycu.edu.tw