計算生物實驗

Computational Biology Lab.

學期

112-2

學分

0 學分

當期課號

410031

永久課號

BTBT10056

開課單位

生物科技學系

授課教師

李宗夷、林勇欣

校區

博愛

類別

選修

上課時間表

節	週三
5 13:20–14:10	計算生物實驗 BI305（博愛） 3 節連堂
6 14:20–15:10
7 15:30–16:20

* 根據陽明交大上課時間表所列

概述

本課程主要針對具有分子生物學基礎與計算機相關概念的學生,提供計算生物領域之基本概念與加強學生在生物資訊實務應用的能力。主題包括生物資料庫介紹、生物資訊工具介紹、基因序列分析、基因表達分析、基因功能富集分析、演化分析、密碼子使用偏性等。本課程將讓學生透過課題練習與軟體操作方式來學習將課堂所學的知識與計算生物工具應用到生物資料分析。

先修科目

【計算生物概論】或【計算機概論】

備註

無備註

教學方式

投影片解說 + 課堂練習 + 互動討論

評分方式

請注意:本實驗課程不分組李宗夷老師(50%): 作業 (20%) + 期中考 (20%) + 課堂表現 (10%) 林勇欣老師(50%): 作業 (50%)

課程大綱

教師未提供此項資料

週次計畫

週次	主題
第 1 週	Course Introduction and Basic Concept of Computational Biology; Introduction of Molecular Biology, Databases and Tools 2024-02-21(三) 時數：[2024-02-21]李宗夷(3.00)
第 2 週	和平紀念日 2024-02-28(三)
第 3 週	Gene Transcription and Gene Expression Profiling 2024-03-06(三) 時數：[2024-03-06]李宗夷(3.00)
第 4 週	Gene Expression Data Analysis I 2024-03-13(三) 時數：[2024-03-13]李宗夷(3.00)
第 5 週	Gene Expression Data Analysis II 2024-03-20(三) 時數：[2024-03-20]李宗夷(3.00)
第 6 週	Gene Functional Analysis 2024-03-27(三) 時數：[2024-03-27]李宗夷(3.00)
第 7 週	校際活動週 2024-04-03(三)
第 8 週	Gene Regulatory Networks 2024-04-10(三) 時數：[2024-04-10]李宗夷(3.00)
第 9 週	Midterm Exam (Written examinzation) 2024-04-17(三) 時數：[2024-04-17]李宗夷(3.00)
第 10 週	Retrieve sequences from database 2024-04-24(三) 時數：[2024-04-24]林勇欣(3.00)
第 11 週	Sequence alignment -- dot matrix 2024-05-01(三) 時數：[2024-05-01]林勇欣(3.00)
第 12 週	Sequence alignment -- dynamic programming 2024-05-08(三) 時數：[2024-05-08]林勇欣(3.00)
第 13 週	Calculate pairwise distances 2024-05-15(三) 時數：[2024-05-15]林勇欣(3.00)
第 14 週	Construct a phylogenetic tree 2024-05-22(三) 時數：[2024-05-22]林勇欣(3.00)
第 15 週	Calculate codon usage bias 2024-05-29(三) 時數：[2024-05-29]林勇欣(3.00)
第 16 週	Calculate codon usage bias 2024-06-05(三) 時數：[2024-06-05]林勇欣(3.00)

教科書

1. Neil C. Jones and Pavel A. Pevzner “An Introduction to Bioinformatics Algorithms”, 1st Edition, published by MIT press 2004 2. Manolis Lellis, “Computational Biology: Genomes, Networks, Evolution”, by MIT press 2016

Office Hours

地點: 李宗夷:賢齊館 317室林勇欣:賢齊館 415室
時間: 15:00 ~ 17:00 on Tuesday (李宗夷、林勇欣) 15:00 ~ 17:00 on Thursday (李宗夷、林勇欣)
聯絡方式: 李宗夷:分機:56947; Line ID: francislee0215; Email: leetzongyi@nycu.edu.tw; Website: https://sites.google.com/view/biomics 林勇欣:分機:56960;yslin@nycu.edu.tw;http://yslin.lab.nycu.edu.tw/lectures.php