分子演化

Molecular Evolution

學期

112-2

學分

0 學分

當期課號

430105

永久課號

BTBI30004

開課單位

生物資訊及系統生物研究所

授課教師

林勇欣

校區

博愛

類別

選修

上課時間表

節	週一
5 13:20–14:10	分子演化 BI305（博愛） 3 節連堂
6 14:20–15:10
7 15:30–16:20

* 根據陽明交大上課時間表所列

概述

講述利用分子資料,例如 DNA 或蛋白質序列,建立演化樹的理論、數學模型、與方法。學習如何操作使用應用軟體(不需程式設計能力),研究物種間或基因間的親緣關係及分子演化的歷史。

先修科目

普通生物學

備註

無備註

教學方式

參考文獻: "Molecular evolution :a phylogenetic approach" by Roderic D.M. Page, Edward C. Holmes; Oxford; Blackwell Science,1998 電子書: http://www.netLibrary.com/urlapi.asp?action=summary&v=1&bookid=51693

評分方式

作業:複習上課內容及練習課堂上所教授的操作分析方法評量:作業 100%

課程大綱

教師未提供此項資料

週次計畫

週次	主題
第 1 週	Introduction 2024-02-19(一) 時數：[2024-02-19]林勇欣(3.00)
第 2 週	Dynamics of Genes in Populations 2024-02-26(一) 時數：[2024-02-26]林勇欣(3.00)
第 3 週	Dynamics of Genes in Populations 2024-03-04(一) 時數：[2024-03-04]林勇欣(3.00)
第 4 週	Dynamics of Genes in Populations 2024-03-11(一) 時數：[2024-03-11]林勇欣(3.00)
第 5 週	Models of Nucleotide Substitution 2024-03-18(一) 時數：[2024-03-18]林勇欣(3.00)
第 6 週	Models of Nucleotide Substitution 2024-03-25(一) 時數：[2024-03-25]林勇欣(3.00)
第 7 週	Models of Amino Acid and Codon Substitution 2024-04-01(一) 時數：[2024-04-01]林勇欣(3.00)
第 8 週	Models of Amino Acid and Codon Substitution 2024-04-08(一) 時數：[2024-04-08]林勇欣(3.00)
第 9 週	Alignment 2024-04-15(一) 時數：[2024-04-15]林勇欣(3.00)
第 10 週	Phylogeny Reconstruction: Distance Methods 2024-04-22(一) 時數：[2024-04-22]林勇欣(3.00)
第 11 週	Phylogeny Reconstruction: Maximum Parsimony 2024-04-29(一) 時數：[2024-04-29]林勇欣(3.00)
第 12 週	Phylogeny Reconstruction: Maximum Likelihood 2024-05-06(一) 時數：[2024-05-06]林勇欣(3.00)
第 13 週	Comparison of Methods and Tests on Trees 2024-05-13(一) 時數：[2024-05-13]林勇欣(3.00)
第 14 週	Molecular Clock and Estimation of Species Divergence Times 2024-05-20(一) 時數：[2024-05-20]林勇欣(3.00)
第 15 週	Neutral and Adaptive Protein Evolution 2024-05-27(一) 時數：[2024-05-27]林勇欣(3.00)
第 16 週	Bayesian MethodsDNA Polymorphism in Populations 2024-06-03(一) 時數：[2024-06-03]林勇欣(3.00)

教科書

"Molecular evolution" by Wen-Hsiung Li; Sunderland, Mass. :Sinauer Associates, c1997 "Molecular evolution :a phylogenetic approach" by Roderic D.M. Page, Edward C. Holmes; Oxford; Blackwell Science, 1998 "Computational Molecular Evolution" by Ziheng Yang; Oxford University Press, 2006

Office Hours

地點: 賢齊館 415室
時間: Tue 15:00-17:00 Thu 15:00-17:00
聯絡方式: 分機:56960 yslin@nycu.edu.tw