計算生物實驗
Computational Biology Lab.
| 節 | 週三 |
|---|---|
5 13:20–14:10 | 計算生物實驗 BI304（博愛） 3 節連堂 |
6 14:20–15:10 | |
7 15:30–16:20 |
* 根據陽明交大上課時間表所列
藉由Linux系統的介紹與訓練,熟悉Unix管理實務與開源軟體(open source)的使用,及其在生物資訊學與工程生物科學計算上的應用。 !請於選課系統登記亂數抽籤,勿私下來信要求加選!
【計算生物概論 】或 【計算機概論】
無備註
見 http://wild.life.nctu.edu.tw/class/1141410015 課堂上會公佈網站密碼
【作業】每個單元結束繳交程式及結果或報告。 【期末presentation】可參考歷年presentation連結 :http://wild.life.nctu.edu.tw/class/compbio2 ;但主題不可以跟前人或本屆其他學生重覆。 作業+期末presentation: 70% ; 期中考: 30%
教師未提供此項資料
| 週次 | 主題 |
|---|---|
| 第 1 週 | 課程簡介,軟體應用準備 Course overview, instruments preparation and cleanup 2025-09-03(三) 時數：[2025-09-03]尤禎祥(3.00) |
| 第 2 週 | 系統基礎操作及語法Basic Unix commands and vi editor 2025-09-10(三) 時數：[2025-09-10]尤禎祥(3.00) |
| 第 3 週 | 計算環境的建立 Account management, compilation, and packaging 2025-09-17(三) 時數：[2025-09-17]尤禎祥(3.00) |
| 第 4 週 | 正規表示法 Regular expressions: RE, PCRE and ERE 2025-09-24(三) 時數：[2025-09-24]尤禎祥(3.00) |
| 第 5 週 | 數據資料串流編輯Stream editor and awk for data processing 2025-10-01(三) 時數：[2025-10-01]尤禎祥(3.00) |
| 第 6 週 | 命令列模式組合Unix shell: command line interface (CLI) and bash 2025-10-08(三) 時數：[2025-10-08]尤禎祥(3.00) |
| 第 7 週 | 檔案結構與殼層腳本製作Database file processing with shell scripts 2025-10-15(三) 時數：[2025-10-15]尤禎祥(3.00) |
| 第 8 週 | 期中考 Midterm 2025-10-22(三) 時數：[2025-10-22]尤禎祥(3.00) |
| 第 9 週 | Introduction to R (I) 2025-10-29(三) 時數：[2025-10-29]陳亭妏(3.00) |
| 第 10 週 | Introduction to R (II) 2025-11-05(三) 時數：[2025-11-05]陳亭妏(3.00) |
| 第 11 週 | Introduction to R (III) 2025-11-12(三) 時數：[2025-11-12]陳亭妏(3.00) |
| 第 12 週 | Introduction to R (IV) (交大校區運動會) 2025-11-19(三) 時數：[2025-11-19]陳亭妏(3.00) |
| 第 13 週 | 次世代定序資料介紹 原始資料品質分析 2025-11-26(三) 時數：[2025-11-26]陳亭妏(3.00) |
| 第 14 週 | 序列比對後BAM檔案介紹及處理 2025-12-03(三) 時數：[2025-12-03]陳亭妏(3.00) |
| 第 15 週 | RNA 定序資料表現量分析 (I) 2025-12-10(三) 時數：[2025-12-10]陳亭妏(3.00) |
| 第 16 週 | RNA 定序資料表現量分析 (II) 2025-12-17(三) 時數：[2025-12-17]陳亭妏(3.00) |
1. Beginning Ubuntu Linux 3rd Edition, 2008, ISBN 978-1-4302-0649-1, <b>ebook</b>: http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4302-0649-1 2. Learning the bash Shell, 3rd Edition, ISBN 978-0-596-00965-6, <b>ebook</b>: 978-0-596-15896-5. 3. sed & awk, 2nd Edition, ISBN:978-1-56592-225-9, <b>ebook</b>: 978-1-4493-8700-6. 4. gnuplot Cookbook, <b>ebook</b> ISBN:978-1-84951-725-6.
- 地點
- Yu:賢齊樓R416 Chen:賢齊樓R420
- 時間
- Tuesday : 13:30-15:30 (Yu) Friday: 13:30-15:30 (Chen)
- 聯絡方式
- Yu:分機:56962; http://wild.life.nctu.edu.tw/~jsyu Chen:分機:59734; https://fullofbeans.nctu.edu.tw/