Linux系統實務與高速計算

Linux System Implementation and High-Performance Computing

學期

115-1

學分

3 學分

當期課號

430102

永久課號

BTBI30124

開課單位

生物資訊及系統生物研究所、生物科技學系、分子醫學與生物工程研究所、工程生物科學學院產業博士班、生醫科學與工程博士學位學程、跨領域神經科學博士學位學程

授課教師

尤禎祥

校區

博愛

類別

選修

上課時間表

節	週三
5 13:20–14:10	Linux系統實務與高速計算 BI304（博愛） 3 節連堂
6 14:20–15:10
7 15:30–16:20

* 根據陽明交大上課時間表所列

概述

藉由Linux系統的介紹與訓練，熟悉Unix管理實務與開源軟體(open source)的使用、延伸至高速計算(HPC)與異質計算環境之整合，並應用於生物資訊學與工程生物科學模擬。！請於選課系統登記亂數抽籤，勿私下來信要求加選！

先修科目

計算機概論、微積分

備註

無備註

教學方式

見 http://wild.life.nctu.edu.tw/class/1151430102 課堂上會公佈網站密碼

評分方式

！前十週的進度禁止使用AI產出程式碼與作業；第十一週之後無限制開放使用！【作業】每個單元或每週繳交程式碼及結果或報告。【期末presentation】可參考歷年presentation連結：http://wild.life.nctu.edu.tw/class/compbio2 ；但主題不可以跟前人或本屆其他學生重覆。作業: 50% ；期中考: 25%；期末presentation: 25%

課程大綱

教師未提供此項資料

週次計畫

週次	主題
第 1 週	Basic Concept in Unix System and Environment Setup 2026-09-09(三)
第 2 週	vim Editor, Hyper Text Mark-up Language and LaTeX 2026-09-16(三)
第 3 週	Regular Expressions 2026-09-23(三)
第 4 週	Linux System Internals and Installation 2026-09-30(三)
第 5 週	Shell Scripting with sed and awk 2026-10-07(三)
第 6 週	Advanced Unix Commands and Data Processing 2026-10-14(三)
第 7 週	Data Structures in bash 2026-10-21(三)
第 8 週	Midterm Exam in class 2026-10-28(三)
第 9 週	gnuplot and Data Analysis 2026-11-04(三)
第 10 週	Advanced 3D Visualization 2026-11-11(三)
第 11 週	Vibe Coding: AI-Assisted Geometric Structural Design 2026-11-18(三)
第 12 週	Diskless Remote Boot in Linux (DRBL) and Clonezilla 2026-11-25(三)
第 13 週	Resource Scheduling with slurm queuing system 2026-12-02(三)
第 14 週	Heterogeneous Cluster Implementation: x86_64 vs ARM64 2026-12-09(三)
第 15 週	Cross-Platform Connectivity: ssh tunneling and application 2026-12-16(三)
第 16 週	Final Project Presentation (or Final exam in solving dependency hell) 2026-12-23(三)

教科書

1. Beginning Ubuntu Linux 3rd Edition, 2008, ISBN 978-1-4302-0649-1, ebook: http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4302-0649-1 2. Learning the bash Shell, 3rd Edition, ISBN 978-0-596-00965-6, ebook: 978-0-596-15896-5. 3. sed & awk, 2nd Edition, ISBN:978-1-56592-225-9, ebook: 978-1-4493-8700-6. 4. gnuplot Cookbook, ebook ISBN:978-1-84951-725-6.

Office Hours

地點: Yu：賢齊樓R416
時間: Tuesday : 13:30-15:30 (Yu)
聯絡方式: Yu：分機：56962; http://wild.life.nctu.edu.tw/~jsyu